開基靈祐宮位於臺南市中西區，是中華民國直轄市定古蹟，廟內主祀北極玄天上帝，因建廟最早，故冠有「開基」二字。學者陳在正認為該廟至少於明永曆十九年（1665年）前後已建成，且早於鷲嶺北極殿。廟中恭奉全臺最大尊的鎮殿「金面」玄天上帝神像，是其最大特色。此外該廟過去是軍民合建廟宇，各次重修也有官員出資，學者石萬壽認為這顯示該廟具有半官方性質，張溪南、黃明漢等則認為該廟與北極殿（大上帝廟）同為官廟。

該廟為了與同主祀玄天上帝的「大上帝廟」區分，所以時人俗稱該廟為「小上帝廟」。小上帝廟之別稱，已可見於康熙五十九年（1720年）王禮所撰之《臺灣縣志》。而除了主祀的玄天上帝外，廟內還有配祀王靈天君、馬府千歲等神祇。

該廟為明鄭時所建，建於當時承天府署（今赤崁樓）背面，屬府治鎮北坊。而關於建廟的年代，清代舊志皆以「偽時建」或「鄭氏所建」帶過，而日治時期的寺廟台帳記載則為明永曆廿五年（1671年）。廟方出版的沿革則曾寫說在明永曆年間（1665年─1671年），不過後來已更改為明永曆十九年（1665年）。而學者陳在正考證明代遺臣王忠孝所撰〈東寧上帝序〉一文，認為該廟是明鄭時期鎮將林陞及其部下黃某，奉請真武大帝神像到東寧府治鎮北坊建廟崇祀，囑託王忠孝為主倡者。而該廟即是開基靈祐宮，後來鄭氏再建大上帝廟。因王忠孝於永曆十八年（1664年）四月渡台，十九年冬末病，二十年四月廿八日（1666年5月31日）病歿，故認為該廟約於明永曆十九年（1665年）前後建成，並且早於北極殿（大上帝廟）。陳在正遂據此認為創建於明永曆廿五年（1671年）之說有誤。