鄭成功祖廟為奉祀鄭成功的鄭氏家廟，為明永曆十七年（1663年）鄭經所建之專祠，奉祀其父鄭成功與其母董氏。該廟位於中華民國台南市中西區（臺灣府城寧南坊五帝廟街）。臺灣納入清版圖後，改稱鄭氏大宗祠，又稱昭格堂。近年易名鄭姓宗祠，後來才又回復正名鄭成功祖廟。該廟於1985年（民國74年）11月19日公告為臺南市三級古蹟。

鄭經在明永曆十七年（1663年）從金廈來到臺灣後，隨即建立了祭祀其父的「延平王廟」，又稱「先王廟」，後來鄭經逝世後建了祭祀他的「二王廟」，該廟遂又稱為「大王廟」。後來明鄭滅亡於明永曆三十七年（1683年）之後，施琅曾來此處祭拜鄭成功，但後來由於鄭氏族人被遷回中國大陸，周圍居民又不敢公然前去祭祀鄭成功，導致該廟一度被兩個姓許和姓蔡的官役佔去，直到乾隆三十六年（1771年）才由士紳鄭其嘏等人贖回重修，並改稱「鄭氏大宗祠」，又稱「昭格堂」，而之後數年也有數次整修過。

進入臺灣日治時期之後，由於大正八年（1919年）進行市區改正而拓寬廟前道路，導致該廟門前有部分被拆除。而到了昭和五年（1930年），適逢舉辦「臺灣文化三百年紀念」，鄭氏家族則組成了臺南鄭氏宗親會並發起募款，於兩年後完成該廟的整修。

二次大戰結束進入民國時期後，1961年因延平郡王祠重塑鄭成功神像，原本由蔡心雕塑於1947年的樟木神像則移祀至此。1983年因廟前道路再次拓寬，該廟前面便改建為牆門，此外鄭氏家廟則改稱為鄭氏宗祠。之後2000年再次整修竣工，而2002年4月29日則正式改名為「鄭成功祖廟」，並且對外開放。